Bereits in Verbindung mit der Laufzeitverlängerung hielt E.ON die Kernbrennstoffsteuer aus verfassungs- und europarechtlichen Gründen für rechtswidrig. Die Beibehaltung der Steuer bei deutlich reduzierten Laufzeiten wirft zusätzliche Rechtsprobleme auf.
Zudem ist die Steuer für die Energiewende kontraproduktiv, weil sie Milliardensummen abschöpft, die nicht mehr für Investitionen in den Umbau des Energiesystems zur Verfügung stehen werden. Außerdem wird E.ON durch diese Doppelbelastung im europäischen Wettbewerb unverhältnismäßig benachteiligt. Vor diesem Hintergrund wird E.ON gegen die Kernbrennstoffsteuer klagen.